1998年，仁济医院肺科和慢支实验室正式合并成立了呼吸科，由李燕芹任科主任。目前，呼吸科共有22人，其中医师11名，包括主任医师1名，副主任医师3名，主治医师5名，硕士以上学历者占50%以上。

　　1999年，在仁济医院院东院全面启用之际，呼吸科结束了以往没有病房的历史，成立了呼吸科病房，同时开展了电子气管镜及全套肺功能检查等一系列工作。各项工作逐步规范，医疗质量不断提高。自病房建立以来，已成功抢救了呼吸科各种危重病患者，如ARDS、大咯血、哮喘持续状态等，还与激光科联合成功治疗了气管内肿瘤的患者。在临床教学方面，也结束了以往由内科其他科室负责呼吸部分教学的局面，全部由呼吸科承担中英文班教学及夜大学的教学任务。在科研方面，承担并完成了多项课题，如许以平教授负责的过敏性哮喘家系成员第11对染色体上哮喘易感基因的研究，支气管哮喘青春期缓解的机理研究，嗜酸细胞阳 离子蛋白检测法的建立及其临床应用，哮喘蟑螂过敏诊断试剂盒及其免疫治疗制剂的研制，重组粉尘螨过敏原的研究；沈其昀教授的雷公藤多甙抗哮喘气道炎症的研究；李燕芹教授的肺间质纤维化及血管生成对急性肺损伤病程进展的影响；王利民教授的哮喘的分子遗传学研究，过敏性哮喘与嗜碱性粒细胞凋亡的关系，嗜碱性粒细胞在哮喘发病作用的研究。

　　在2003年抗击SARS的战役中，这支年轻的队伍经历了一场严峻的考验，当时尽管呼吸科人员紧张，许多医生家中有年幼的孩子离不开父母，但全科人员顾全大局，勇敢地站在了抗击SARS的第一线，工作中常常加班加点，常常由于特殊情况连续多日不能回家，只能在电话中慰问一下年幼的孩子；工作时层层的隔离衣下大家不知要流多少汗水，但大家为了减少“麻烦”，尽量不喝水，因此经历那段特殊的日子后，许多医生变得又黑又瘦，但他们最终经过了考验出色地完成了任务，为最终取得这场战役的全面胜利作出了自己应有的贡献。呼吸科被授予“院抗击非典先进集体”的光荣称号，多名医师被授予“院抗击非典先进个人”称号，有的还被授予“上海市卫生局抗击非典先进个人”称号。这次特殊的经历使年轻的科室在各方面得到了成长。

　　2003年，呼吸科李燕芹主任首次招收临床型硕士研究生2名，为呼吸科临床型高学历人才的培养奠定了基石。同时李燕芹主任还担任了上海医学会呼吸学会青年委员，上海康复学会呼吸专业委员会委员。

　　历任科主任：李燕芹