小儿心胸外科是治疗小儿先天性心胸疾病的专科，其前身在上海第二医科大学附属新华医院内。它是我国最早（1974年）建立的专业学科。该科现有床位64张，重症监护床位22张，专用手术室4间，有先进的手术和监护设备，每年手术数量已超过1400例，手术成功率在98%左右。其特点和研究方向是婴幼儿危重复杂先心病的纠治。手术最小年龄为出生后11小时的大血管错位。该科曾经和正在承担上海市高教局重点学科、上海市医学领先学科、国家级部市级学科建设和科研项目、上海首批小儿心血管临床医学中心。曾多次获得上海市、卫生部级科学技术进步一、二、三等奖和国家级科技进步二、三等奖。现有博士导师5名，硕士生导师5名，有良好的学科梯队结构。
　　
　　该学科至今已在全国培训了30多批各省市或儿童医院的心血管专业队伍，承担了国家级医学继续教育的任务。18年来一直与美国HOPE基金会支持的美国波士顿儿 童医院心脏外科互派专家长期交流。在医院内尚设有上海市小儿先心病研究所，设有研究和实验室：对婴幼儿病理生理、诊断、手术技术、修复材料、体外循环和重要脏器的改变进行系统的研究。
　　
　　主要业务指标
　　
　　2001 2002
　　
　　门急诊人次（人）2983 3996
　　
　　住院病人数（人）1263 1440
　　
　　总手术台次数（次）1191 1458
　　
　　住院手术台次（次）1191 1458
　　
　　床位使用率（%）90.15 114.61
　　
　　床位周转率（%）20.03 24.39
　　
　　平均住院天数（天）17.31 16.83
　　
　　重大抢救人次数（次）112 130
　　
　　重大抢救成功率（%）80.4 82.3
　　
　　
　　
　　主任：徐志伟
　　副主任：史珍英、张海波