1999年后，泌尿科年轻的一代走上第一线，科室顺利实行新老交替，学科发展进入最好时期。1999年11月泌尿科在浦东仁济医院建立新病区、肾移植病房及门急诊，科室由原来的29张床位扩增到70张床位。科室规模在上海市位于第一，包括：两个普通泌尿科病区，一个肾移植中心，两个实验室（男性学和肾移植），一个人类精子库，一本杂志（中国男科学杂志）。2002年1月率先在医院开始综合体制改革，科室施行新的科室管理模式，采用全新的医疗小组制度和分配制度等。门急诊量增加150%，手术量增加300%。2003年科室收入4600万，门急诊人次9万，住院手术病人3000余例，工作量达到国际先进水平。学科齐全，包括男科、肾移植、微创泌尿外科、小儿泌尿外科、女性泌尿外科、膀胱排尿功能障碍等。
泌尿外科的微创手术迅速发展，其中腔内手术占科室手术的70%以上。经尿道前列腺切除术在黄
翼然教授的推动下完全普及，每年达1000例以上。2000年8月黄旭元开展输尿管镜碎石术，在国内首先应用先进的双频双脉冲激光碎石技术，累积病例数1000余例；2001年8月刘东明开展泌尿外科腹腔镜手术，用腹腔镜行肾上腺肿瘤切除、肾癌根治术、肾脏部分切除术等累积300余例；2004年2月薛蔚开展肾鹿角型结石经皮肾镜碎石术，累积20余例；黄翼然、周立新等开展女性压力性尿失禁吊带术，包括先进的TVT术、In-Fast术、Sparc术等，累积病人100余例；周力新、黄翼然等为3例病人作人工尿道括约肌术；1999年4月黄翼然、吴家骏等与麻醉科合作，在胸外科的帮助下，首次采取深低温、心脏停搏、心肺分流，成功的为1例肾癌癌栓达右心房病人作取癌栓手术；5年为15例不同水平下腔静脉癌栓作取癌栓手术，无1例死亡；薄隽杰、薛蔚分别开展hemi-kock和T-pouch原位膀胱术；2000年冷静组织大样本的男性勃起功能障碍的流行病调查。
1998年9月凌建煜教授来科室主持肾移植工作。凌建煜、邱丰5年完成近300例同种肾移植，其中10例亲属肾移植，包括全国首例夫妻间肾移植。2000年与日本大阪大学协作，建立中日合作的肾移植实验室，采取哑铃模式引进大阪大学王晶钉博士，完成市科委重点课题两项，经费30万。2003年5月原上海市儿童医学中心的叶惟靖加盟，组建小儿泌尿外科，每月小儿泌尿外科手术量20左右台。
2001年12月上海市男科学研究所经上海市卫生局批准在我科正式成立，王益鑫教授任所长。主要研究方向：男子不育与节育、男性性功能障碍与前列腺疾病的发病机制与诊治研究。2001年7月被二医大评为校重点学科。2001年泌尿科被批准为国家SDA药理基地。2003年3月上海市人类精子库经卫生部批准在我院正式成立，李铮任主任。2003年中国男科学杂志由季刊改为双月刊，影响因子达0.77，发行量每期7000余册。科室申请获得卫生部继续教育项目“男性生育力检测”和“压力性尿失禁研究进展”，以及市级继续教育项目“微创泌尿外科”
王益鑫担任全国男科学会副主委，上海市男科学会主委；戴继灿、黄平治为上海市男科学会委员；黄翼然任上海市泌尿外科学会副主委；黄旭元任上海市泌尿外科学会委员。科内有教授4人，副教授8人；博士生导师2名，硕士生导师3名，培养博士生7名。5年获得市局级课题8项，经费150万以上。获得国家专利两项。发表论文150余篇，其中SCI收录2篇。
历任科主任：陈邦典、王以敬、江鱼、吴家俊、王益鑫、黄翼然。
